因為電子顯微鏡使用的是電子束，光學顯微鏡使用的是可見光，電子束的波長比可見光的波長短，所以電子顯微鏡的分辨率遠高于光學顯微鏡。

顯微鏡的分辨率與透過樣品的電子束入射錐角和波長有關(guān)。

可見光的波長約為300～700納米，而電子束的波長與加速電壓有關(guān)。依據(jù)波粒二象性原理，高速的電子的波長比可見光的波長短，而顯微鏡的分辨率受其使用的波長的限制，因此電子顯微鏡的分辨率（0.2納米）遠高于光學顯微鏡的分辨率（200納米）。

電子顯微鏡技術(shù)的應(yīng)用是建立在光學顯微鏡的基礎(chǔ)之上的，光學顯微鏡的分辨率為0.2μm，透射電子顯微鏡的分辨率為0.2nm，也就是說透射電子顯微鏡在光學顯微鏡的基礎(chǔ)上放大了1000倍。

雖然電子顯微鏡的分辨率遠高于光學顯微鏡，但是它具有一些缺點：

1、在電子顯微鏡中樣本必須在真空中觀察，因此無法觀察活樣本。隨著技術(shù)的進步，環(huán)境掃描電鏡將逐漸實現(xiàn)直接對活樣本的觀察；

2、在處理樣本時可能會產(chǎn)生樣本本來沒有的結(jié)構(gòu)，這加劇了此后分析圖像的難度；

3、由于電子散射能力極強，容易發(fā)生二次衍射等；

4、由于為三維物體的二維平面投影像，有時像不**；

5、由于透射電子顯微鏡只能觀察非常薄的樣本，而有可能物質(zhì)表 面的結(jié)構(gòu)與物質(zhì)內(nèi)部的結(jié)構(gòu)不同；

6、超薄樣品（100納米以下），制樣過程復(fù)雜、困難，制樣有損傷；

7、電子束可能通過碰撞和加熱破壞樣本；

8、電子顯微鏡購買和維護的價格都比較高。